Der Hauptentwickler von Assassins Creed Shadows versichert den Spielern, dass die Auswahl eines einzelnen Protagonisten ihre Erfahrungen nicht wesentlich beeinflussen wird. Das Spiel enthält zwei spielbare Charaktere: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai, deren Aufnahme eine Diskussion vor der Veröffentlichung hervorgebracht hat.

Es ergaben Bedenken, dass die Konzentration auf einen Charakter zu verpassten Story -Elementen oder zu Gameplays führen könnte. Der Kreativdirektor Jonathan Dumont sprach diese Bedenken an und beschrieb seinen eigenen ausgewogenen Ansatz: "Ich wechsle zwischen Charakteren, vielleicht 3-5 Stunden mit einem, dann 2-3 mit dem anderen."

Dumont stellte jedoch klar, dass die Spieler nicht für die Bevorzugung eines Charakters nicht bestraft werden. Während jeder Protagonist einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsstränge aufweist, passt sich die Erzählung des Spiels an die Wahl des Spielers an. Er ermutigt die Spieler zu spielen, wie sie es bevorzugen: "Sie werden nicht viel vermissen. Es hängt von Ihrem Spielstil ab. Experiment! Jeder hat einzigartige Einführungen und Quests, aber die Kernerfahrung ist anpassbar. Wählen Sie Ihren Favoriten. Die Geschichte passt."