O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que a escolha de um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico, cuja inclusão gerou discussão pré-lançamento.

Surgiram preocupações de que o foco em um personagem pode levar a elementos ou jogabilidade perdidos. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: "Eu alterno entre os personagens, talvez 3-5 horas com um, depois 2-3 com o outro".

No entanto, Dumont esclareceu que os jogadores não são penalizados por favorecer um personagem. Enquanto cada protagonista possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a jogar como preferem: "Você não perderá muito. Depende do seu estilo de jogo. Experimento! Cada um tem apresentações e missões únicas, mas a experiência principal é adaptável. Escolha o seu favorito; a história se ajusta".