El desarrollador principal de Assassin's Creed Shadows asegura a los jugadores que elegir un solo protagonista no afectará significativamente su experiencia. El juego presenta dos personajes jugables: Naoe, una femenina Shinobi, y Yasuke, un samurai africano histórico, cuya inclusión ha generado una discusión previa a la liberación.

Surgieron preocupaciones de que centrarse en un personaje podría conducir a elementos de la historia perdidos o un juego. El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: "Cambio entre personajes, tal vez 3-5 horas con uno, luego 2-3 con el otro".

Sin embargo, Dumont aclaró que los jugadores no están penalizados por favorecer a un personaje. Si bien cada protagonista cuenta con secuencias de apertura únicas y historias personales, la narrativa del juego se adapta a la elección del jugador. Él alienta a los jugadores a jugar como prefieren: "No perderás mucho. Depende de tu estilo de juego. ¡Experimentar! Cada uno tiene presentaciones y misiones únicas, pero la experiencia central es adaptable. Elige tu favorito; la historia se ajusta".