Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que le choix d'un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, dont l'inclusion a généré une discussion pré-libérée.

Des inquiétudes se sont présentées que se concentrer sur un personnage pourrait conduire à des éléments d'histoire manqués ou à un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: "Je bascule entre les personnages, peut-être 3-5 heures avec l'un, puis 2-3 avec l'autre."

Cependant, Dumont a précisé que les joueurs ne sont pas pénalisés pour avoir favorisé un personnage. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit du jeu s'adapte au choix du joueur. Il encourage les joueurs à jouer comme ils préfèrent: "Vous ne manquerez pas beaucoup. Cela dépend de votre style de jeu. Expériment! Chacun a des introductions et des quêtes uniques, mais l'expérience principale est adaptable. Choisissez votre préféré; l'histoire s'ajuste."